递减PCR（touchdown PCR）：前几循环温度逐渐下降。
逆转录PCR（RT-PCR）：以由mRNA逆转录而来的cDNA为模板，也因为是从表现型基因来进行增量的，由此产生出来的cDNA产物不带有内含子（基因中不具意义的段落），常应用于分子克隆技术。
热启动PCR（hot start PCR）：以高热活化型核酸聚合酶进行反应，减少非专一性产物。
即时PCR（real-time PCR）：PCR过程中利用萤光探针或染料定量检测，又称定量PCR（quantitative PCR），可以进行多组对比。
巢式PCR（nested PCR）：先用低特异性引物扩增几个循环以增加模板数量，再用高特异性引物扩增。
多重PCR（multiplex PCR）：在同一个管中使用多组引物。
复原条件PCR（reconditioning PCR）：PCR产物稀释10倍后重新放入原浓度的引物和dNTP等循环3次，以消除产物中的异二聚体。
dsRNA合成（dsRNA replicator）：合并使用high-fidelity DNA polymersae、T7 RNA聚合酶与Phi6 RNA replicase；从双股DNA转录为对应的双股RNA（dsRNA）。可应用于RNAi实验操作。
低温变性共扩增PCR（COLD-PCR, co-amplification at lower denaturation temperature-PCR）:用以检测突变或特殊等位基因的PCR应用技术。
数字PCR（Digital-PCR, digital polymerase chain reaction）：将标准的PCR反应分割至每一个反应中仅12个copy。藉以侦测微小比例的基因差异。应用于：癌症突变基因、病原体检测、借由母血对胎儿做产前检测。
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